Çankaya İlkokulu 1924 yılında bugünkü Çankaya Mahallesi Silifke Caddesi üzerinde tek katlı taş binada Kurtuluş adı ile öğretime başlamıştır. 1924 yılında kurulup 25/09/1947 yılında lağvedilen Çankaya İÖO 25/09/1949 yine Çankaya mahallesinde öğretime başlamıştır. Çankaya İlkokulu Mersin’in tarihi en eski okuludur. İlk kuruluşu eski Namık Kemal İlkokulu binasıdır. Daha sonra 1941-1947 yılları arasında ileri ilkokuluna taşınmıştır. Bu okuldan 25/09/1947 yılında dönemin İl Milli Eğitim Müdürü Nazmi Vural’ın çabasıyla Çankaya mahallesindeki binasındaki yeni öğretim yılına başlamıştır.
Kurulduğu günden günümüze eğitim ve kültür yarışmalarında Mersinde dereceler yapmış çok insanların yetişmesinin temelini atmış olan Çankaya İlkokulu şimdiki binasına 1995-1996 öğretim yılı başında taşınmış olup bu tarihten sonra adı MOBİL ÇANKAYA İLKÖĞRETİM okulu olarak değişmiştir.
Çankaya İlköğretim Okulunun şimdiki binası 1987-1988 öğretim yılında Mobil Ortaokulu olarak eğitim ve öğretime başlamıştır. Bu binanın projesinin gerçekleşmesinde o tarihteİçel Valisi olan Sayın Sabahaddin Çakmakoğlu ve Rahmetli Belediye Başkanı Okan Merzeci ’nin büyük katkıları olmuştur.
Çankaya İlköğretim Okulunun birinci katı Mobil Şirketi ve Mobil Bayilerinin katkılarıyla yapılmış,ikinci katı ise o günün Milli Eğitim Müdürü Sayın Metin Memiş döneminde yapılmıştır. Mobil Çankaya İlkokulu 1997-1998 Eğitim Öğretim yılında İlköğretim Okulu olarak değişmiştir. Okulun ismi 2000/2001 öğretim yılında Aralık ayında tekrar değişerek ÇANKAYA İLKÖĞRETİM OKULU olmuştur. Yine o günün Milli Eğitim Müdürü Metin Memiş döneminde okula 7 derslikli 1 salonlu ve Kütüphaneli ek bir bina yapılmıştır.